Почеци хришћанске историје овог подручја могу се пратити још од апостолских времена када су Св. Апостоли Андреј и Павле посетили ове просторе и донели светлост Еванђеља. Подручје данашњег Косова и Метохије је познато по многим хришћанским мученицима који су страдали исповедајући веру пред паганским римским властима. Међу њима посебно су значајни свети Флор и Лавр који су мученички пострадали у Улпијани, недалеко до данашње Приштине у другом веку. Након Миланског Едикта 313. године ово подручје је дошло под јурисдикцију Солунског Викаријата што се јасно види из писма римског папе Инокентија I солунском викару Руфу 412. године по коме викаријату припада подручје Дарданије (данашњег Косова и Метохије). Године 535. основана је нова Архиепископија Јустинијана Прима и подручје данашње рашкопризренске епархије потпало је под њену јуриздикцију.

Mеђутим, Јустинијана Прима није имала дугу историју. Разрушили су је Словени и Авари приликом свог освајања Балкана у 7. веку. Епархије ове бивше митрополије поново су враћене у окриље Солунског Викаријата и остале су у његовом саставу до 732. године када је византијски цар Лав III читаво подручје Балкана одузео од Римске столице (тада православне) и пренео их под јуриздикцију Цариградске Патријаршије. У периоду између 927-971 подручје Косова и Метохије припало је Бугарској Патријаршији која је основана у време владавине бугарског цара Симеона (893-927). Освајањем Бугарске, византијски цар Василије II укинуо је Бугарску Патријаршију и формирао нову аутокефалну Охридску Архиепископију којој је припало и подручје данашње рашкопризренске епархије (976-1018). Нова Архиепископија је била под директном контролом цара који је именовао кандидате за Охридски трон док је Цариградски Патријарх вршио хиротонију Охридског Архиепископа. Први писани документ који спомиње Епархију призренску јесте хрисовуља цара Василија II у којој је забележено да је ова епархија била под јуриздикцијом Охридске Архиепископије.

Ова епархија, која је обухватала веће подручје данашњег Косова и Метохије, постала је саставни део српске државе 1189. године када је велики жупан Стефан Немања (1168-1196) освојио Призрен и значајно увећао тадашњу младу српску државу. Почетком тринаестог века Бугари су опет заузели ово подручје да би ускоро власт преузели Византијци. Коначно 1214., у време владавине српског краља Стефана Првовенчаног (1196-1227), брата Св. Саве - првог српског Архиепископа, призренска епархија коначно је прикључена самосталној Српској Цркви и територијално је остала у склопу Српске државе све до доласка Турака 1455. године.

У периоду владавине српске династије Немањића, епархија призренска постла је једна од најнапреднијих црквених јединица Српске Цркве. На њеном подручју су саграђене бројне цркве, маснастири и испоснице. Стотине образованих монаха живело је у њеним манастирима који су развили опсежне духовне и интелектуалне активности - преписивање и превођење књига. Црква је отворила бројне школе, болнице и сиротишта. У овом периоду су настала и бројна вредна уметничка дела српске православне уметности, иконографије и фреско-сликарства, а развијани су и посебни занати као што су златарство, уметнички дуборез и др. Владари и племство су издашно помагали живот Цркве која је уживала све привилегије као званична државна верска установа. Године 1346, када је Српска Архиепископија подигнута на ниво Патријаршије, призренски епископ је добио звање митрополита.

Турци су коначно освојили Косово и Метохију 1455. године и ови простори ће остати под отоманском владавином све до Балканских ратова (1912-1913). Након пада Српске Деспотовине 1459 и смрти Патријарха Арсенија II, Српска Црква је потпала под јуриздикцију Цариградске Патријаршије и призренска митрополија нашла се у оквиру Охридске Архиепископије. Године 1528 српски митрополит Нифон започео је борбу за осамостаљење Српске Цркве од Охридске Архиепископије. Као резултат тих настојања уз значајну помоћ јаничара Мехмеда Паше Соколовића, брата тадашњег патријарха Макарија Соколовића, обновљена је Српска Патријаршија и велики део грчког клира у јужним деловима Србије заменили су домаћи људи.

Због отворене подршке коју је Црква пружала устаницима против турске власти у 18. веку, Турци су 11. септембраа 1776. године донели декрет о забрани рада Пећке Патријаршије и Српска Православна Црква је поново враћена у окриље Цариградске Патријаршије. Наступио је период тзв. фанариота, грчких владика који су имали веома мало разумевања за потребе српске пастве. Црквене службе су често биле на грчком језику, а одсуство пастирског рада на српском језику у великој мери је улакшао прелазак већег броја Срба, посебно у јужним крајевима, на ислам под јаким притиском турских власти и тешких намета и зулума. Године 1807, за време рашког митрополита Јоаникија дошло је до уједињења рашке и призренске митрополије. Тек 1891. године Срби су у овим подручијима добили слободу од Цариграда да сами бирају своје сународнике за епископе.

Подручје Косова и Метохије коначно је ослобођено од Турака у време Балканских ратова када су турски поседи у Европи сведени на уско подручје источне Тракије. Године 1912. рашкопризренска епархија је постала саставни део аутокефалне Српске Архиепископије (која је обновљена 1879) године. У току Првог светског рата подручје рашкопризренске епархије било је под бугарском окупацијом. Међу бројним Србима који су били хапшени и прогањани били су такође и свештеници Српске Цркве. Након рата, 1918. године, ово подручје ушло је у састав Краљевине Срба, Хрвата и Словенаца. Две године касније, 1920. Српска Црква је коначно поново добила статус Патријаршије. У току Другог светског рата многи православни Срби су били брутално убијени и прогнани од стране албанских фашиста који су подручје Косова и Метохије припојили квислиншкој Великој Албанији. У то време много православне цркве и гробља су оскрнављена и уништена. Епископ Серафим је био ухапшен и мученички је страдао у Албанији.